昭和30年代には、食生活の近代化により食肉に対する需要が年々増加し、将来に亘っても消費拡大が見込まれることにより、畜産物の生産県としての役割と流通の円滑化を図るため、生産者・消費者及び関係者の代表が発起人となり、資本金2,000万円で昭和39年3月18日に設立された。
昭和39年4月、佐世保市と畜条例に基づき、と畜業務・冷蔵庫業務・食肉市場を主たる業務として営業を開始した。
昭和45年4月多額の不良債権が発生したため、佐世保市農協が経営参加、昭和46年1月長崎県経済連が資本参加して経営の建て直しを行い、昭和46年5月には、資本金5000万円となった。
昭和48年1月には、卸売市場法の改正等により佐世保市食肉地方卸売市場が開設され、その卸売業者となった。枝肉流通から部分肉流通へと転換が始まったのは、この時期からで部分肉生産(カット)業務を主とする工場が長崎県経済連によって昭和50年に設立された。
昭和54年度からの2ヶ年の間に、総合食肉流通体系整備促進事業により、と畜場全般にわたる新設・改築が行われ年々増加する集出荷数量に対応出来る体制が確立した。 前述の経済連工場を昭和60年に当社が譲り受け、と畜から部分肉生産(カット)業務の一体化が確立した。業務一体化は、と畜・カット業務の業績を増大させ、と畜場に於いては、冷蔵庫の狭鎰を解消するため平成元年に冷蔵庫の新設を行った。又、カット工場は、昭和62年・平成2年・平成4年と増改築を重ね、現在にいたっている。現在(平成23年度)の取扱高は、市場部門60億3859万円・部分肉部門66億4131万円計126億7990万円で、役員は社長に 全農長崎県本部(出向者)他県下各農協代表理事゛を含む取締役10名・監査役2名・職員101名、資本金5,000万円(10万株のうち全農長崎県本部出資金額4,005万円の8万0,100株)であります。

明治42年7月1日折橋町に市営と畜場を開設し、昭和24年5月30日千尽町8番地の現在地に新築移転しました。その後昭和39年4月1日佐世保市食肉センターを開設し、卸売業者に佐世保食肉センター株式会社を指名し、と畜場・冷蔵保管・業務の委託をなし業務を開始しました。昭和48年1月条例改正により県知事の認可を受け、食肉地方卸売市場として再発足、昭和48年3月24日には『畜産物の価格安定等に関する法律』により農水産大臣の指定市場となり、現在にいたっています。

市場の開設者　佐世保市